ශාන්ත තෝමස් විද්යාලය 1844 දී එංගලන්තයේ ක්රිස්තියානි මිෂනාරි සංගමය විසින් ආරම්භ කරන ලදී. ලංකාවේ බ්රිතාන්ය පාලනයේ මුල් අවධියේදී ශ්රී ලංකාවේ විවිධ මිෂනාරි ආයතනවල ප්රධාන සැලකිල්ල වූයේ ඉංග්රීසි අධ්යාපනය ලබා දීමයි. මෙහි ප්රතිඵලයක් ලෙස 1914 දී ශාන්ත තෝමස් විද්යාලය ද්විතීයික පාසලක් බවට පත් විය, ශාන්ත තෝමස් විද්යාලය රුහුණු විශ්ව විද්යාලයේ වර්තමාන ස්ථානය වන වැල්ලමඩම ගම්මානයේ බංගලාවක ආරම්භ විය.
පාසල ආරම්භ කරන ලද්දේ 1844 දී සිසුන් කිහිප දෙනෙකු සහ ගුරුවරුන් තිදෙනෙකු සමඟ පළමු ඇංග්ලිකන් මිෂනාරිවරයෙකු වන ගරු N. J. Ondatjee පියතුමා විසිනි, සිංහල භාෂාව සහ සාහිත්යය ප්රවර්ධනය කළ කුමාරතුංග මුනිදාස මහතා ඇතුළු තවත් අය ඔඩන්ජි පියතුමා ගෙන් පසුව පත් විය. 1960 දී ශාන්ත තෝමස් විද්යාලය දීර්ඝ කාලීන මිෂනාරි පාලනයකින් පසු රජයට පවරා ගන්නා ලදී. K. B. ජයසූරිය මහතා රජයේ පාලනය යටතේ පළමු විදුහල්පතිවරයා බවට පත් විය. 1934 දී S. J. ගුණසේකරම් මහතා විසින් ආරම්භ කිරීමෙන් පසු අභාවයට ගිය විද්යාලයේ ආදි ශිෂ්ය සංගමය J. E. M. ප්රනාන්දු, K. B. ජයසූරිය සහ E. A. de L. W. සමරසිංහ යන මහත්වරුන් විසින් නැවත සක්රීය කරන ලදී. 1999 දී ආදි ශිෂ්ය සංගමය මගින් විද්යාල පරිශ්රයේ ඉදිකරන ලද බෞද්ධ සිද්ධස්ථාන කුටිය බෞද්ධ පූජකවරයකු මෙන්ම විද්යාලයේ ආදි ශිෂ්යයකු වූ මඩිහේ පඤ්ඤාසීහ හිමියන් විසින් විවෘත කරන ලදී. මෙම පාසල දිවයිනේ පැරණිතම ක්රිකට් ක්රීඩා කරන පාසලක් වන අතර ශාන්ත සර්වේශස් විදුහල සමග ක්රීඩා කරයි. මෙය දිවයිනේ දෙවන පැරණිතම ක්රිකට් තරඟය වන අතර එය දකුණු නිල් සටන හෝ රුහුණු සටන ලෙසද හැඳින්වේ